Lagu-lagu
SMA N 3 Yogyakarta memiliki lagu-lagu wajib. Mars Padmanaba diciptakan oleh Suhud, yang merupakan murid Bp. RJ Katamsi (pendiri SMA N 3 Yogyakarta).
Mars Padmanaba
Kitalah siswa SMA 3
slalu riang dan bergembira
Giat bekerja bersama-sama
’tuk sekolah nusa bangsa
Bersama-sama kita mengabdi
pada ibu pertiwi
Sbagai perwira sejati rela berbakti
SMA hidup sekolahku
Hidup guru putra-putrimu
Dengan Padmanaba lambangmu,
kan kujunjung namamu
Kau tempatku menuntut ilmu
suka duka bersamamu
Akan kuingat selalu SMA sekolahku
Dan setelah Suhud menciptakan lagu itu, kemudian terciptalah 2 lagu lagi untuk SMA 3, yaitu mars kebesaran Padmanaba dan himne Padmanaba.
Mars Kebesaran Padmanaba
Kita putra-putri SMA 3 Yogyakarta
Yang slalu bersuka cita dan bergembira
Kawanku, marilah, berseru bersama
Memuji, meninggikan nama sekolah kita
Hiduplah hidup sekolahku,
hidup guru putra-putrimu
Yang se-iya berjuang maju,
bertenaga berjiwa satu
Di barisan kita seksama,
berbudi satria dan perwira
Bersiap dan sedia, kan berjuang bersama
Bagi nusa dan bangsa
Kita yang bersemangat satria,
putra nusantara sejati
Insyaf akan semboyan pemuda
Kan memikul masyarakat nanti
Wahai tinggi sekolah kita
Yang bergelarkan Padmanaba
Mari handai taulanku, berserulah semua
Hidup sekolah kita
Himne Padmanaba
Kitalah siswa SMA 3,
berbakti pada ibu pertiwi
Menuntut ilmu dan selalu mengabdi
Siap sedia membela negara
Hai putra-putri Padmanaba
Berjuang untuk nusa bangsa