Lokasi
SMA 3 Padmanaba Yogyakarta berada di kelurahan Kota Baru, Kecamatan Gondokusuman, Kota Yogyakarta. Kota Baru merupakan kompleks kota mandiri buatan Belanda, dengan salah satu unsur pendukungnya adalah SMA 3 Yogyakarta yang dulu disebut dengan AMS B.
Cara menulis alamatnya cukup begini: SMA Negeri 3 Yogyakarta, Jl. Yos Sudarso No. 7 Yogyakarta 55224. Kalo orang Jogja pasti tahu tempat itu, atau kalo belum jelas mungkin bisa ditambahi: ”sekolah deket Kridosono”. Ya, karena memang di sebelah selatan (seberang jalan) terdapat Lapangan dan GOR Kridosono, sehingga sering pula dipakai sebagai penunjuk arah lokasi SMA 3.
SMA 3 dikelilingi oleh 4 jalan yaitu : Jl. Yos Sudarso di sebelah selatan, Jl. Suroto di sebelah timur, Jl. Sadjiono di sebelah utara, dan Jl. FM Noto di sebelah barat sehingga satu blok isinya SMA 3 saja. Karena ada jalan yang melingkari SMA 3 inilah biasanya ada istilah : “lari keliling sekolah”, yang berarti berlari melalui 4 jalan tersebut. Biasanya dimulai dari depan aula terus berlari berlawanan arah jarum jam. Lari ini biasa dilakukan untuk latihan fisik semisal waktu pelajaran olah raga atau ekskul tertentu, ataupun dilakukan untuk menuntaskan kaul (nadzar).
Kota baru dulunya bernama Nieuwe Wijk, area ini mulai dibangun sekitar tahun 1920 sebagai akibat dari makin padat-nya area Loji Cilik. Kota baru menjadi tempat tinggal bagi orang Belanda dengan fasilitas lengkap, mirip dengan area Menteng di Jakarta.