Sejarah
SMA negeri 3 yogyakarta udah berdiri sejak zaman penjaajahan Belanda. Hingga Desember 1941, bangunan ini dikanel dengan nama AMS afd. B yogyakarta. Saat itu, sekolah ini hanya diisi oleh mereka dari golongan elit pribumi.
AMS afd. B berganti nama menjadi SMT (Sekolah Menengah Tinggi) pada masa pendudukan Jepang, tahun 1942. Hingga akhirnya, tanggal 19 September 1942, didukung oleh Kepsek saat itu (Bp. Alm. RJ. Katamsi) sekolah ini dibei nama PADMANABA.
Kenapa diberi nama Padmanaba? Padma sendiri dalam bahasa Sansekerta berarti teratai merah atau dalam bahasa latin adalah Nelembium speciosum. Dulu, tahun 1942, suatu hari Bp. RJ Katamsi menyuruh murid – muridnya untuk menggambar teratai merah yang tumbuh di kolam di lapangan tengah. Bunga ini melambangkan sebuah kesakralan kehidupan. Kuncupnya melambangkan kekuatan yang membumbung tinggi ke atas. Daunnya selalu mengarah ke atas sehingga tak basah oleh air. Akar serabutnya yang saling mengait melambangkan rasa kekeluargaan yang tak bisa dipisahkan oleh apa pun. Teratai juga selalu berada di permukaan, tak peduli air sedang pasang ataupun surut. Warna merahnya juga melambangkan kesucian yang keindahannya dapat dilihat siapapun.
Tahun 1948, sekolah ini terbagi menjadi 2, yaitu SMA A di jl. Pakem 2 dan SMA B di jl. Taman krida 7. Tapi, tanggal 21 Desember 1948, sekolah ini berhasil diduduki Belanda. Tanggal 6 Juni 1949, SMA B dibuka kembali dengan pendidikan yang lebih berkualitas. Tahun 1956, SMA ini berubah nama menjadi SMA IIIB. Dan berubah lagi menjadi SMA negeri 3 pada tahun 1964, di bawah naungan Ibu Mujono Probopranowo.